FAQ

TRAÇABILITÉ

Est-il obligatoire de passer au format électronique ?

Le cahier de laboratoire peut être utilisé au format papier et/ou électronique, il n’y a aucune obligation venant d’INRAE pour faire passer les utilisateurs et utilisatrices au format électronique.

Quels sont les bénéfices du Cahier de Laboratoire Électronique ?

Bénéfice CLE

Où puis-je trouver les recommandations d’utilisation d’un Cahier de Laboratoire Électronique ?

Les recommandations émises par les différents groupes de travail sont accessibles sur cette page : Recommandations

ACCÈS

Comment accéder à mon Cahier de Laboratoire Électronique et comment s’authentifier ?

L’accès au CLE eLabFTW est possible via un navigateur web connecté à internet. A noter que l’accès est impossible en cas de panne réseau ou de maintenance du serveur hébergeant l’outil.

Nous prévoyons de nous appuyer sur les modes d’authentification centralisés suivants :

  • INRAE seulement : identification centralisée INRAE (authentification SAML)
  • INRAE + autres EPST / université : Fédération RENATER
  • INRAE + universités et entités publiques étrangères : Fédération EduGAIN
  • INRAE + privé : identification centralisée INRAE + comptes locaux avec récupération de l’attribut correspondant à l’affectation principale (code de l’unité pour INRAE), permettant d’attribuer des droits automatiquement.

L’authentification à 2 facteurs (Authentification à 2 facteurs MFA TOTP) sera imposée (dans le règlement d’utilisation) pour tous les agents disposant des droits SYSADMIN et ADMIN dans l’instance considérée, et optionnelle pour les autres personnes. Actuellement, l’activation de l’identification 2FA ne fonctionne pas avec l’identification SAML, c’est à la DSI d’activer cette fonctionnalité.

Est-il posible d’utiliser le Cahier de Laboratoire Électronique lors d’échantillonage ou de prélèvements sur le terrain ? Le mode hors connexion est-il disponible ?

Il est possible d’utiliser son Cahier de Laboratoire Électronique en déplacement, via une connexion internet, sur n’importe quel support (téléphone, tablette, PC). Dans le cadre du mode On Premise, le VPN est requis. Le mode hors connexion a été envisagé lors du projet CANULAR, mais il n’existe actuellement pas de financement pour développer cette fonctionnalité.

Quels sont les modes d’accès au Cahier de Laboratoire Électronique ?

L’accès à eLabFTW sera proposé selon deux modes :

  • SAAS (Software as a Service) : eLabFTW est accessible en mode service web dans le cloud, repose sur une infrastructure avec hébergement opéré par un prestataire, avec des serveurs labellisés SecNumCloud

    • 3 probables tailles d’instance : S (20 à 50 Go - 1 à 30 utilisateurs) / M (70 à 100 Go - 31 à 100 utilisateurs) / L (150 Go - 101 à 300 utilisateurs)
    • Coût par instance connu après les négociations durant l’été 2025 avec le prestataire

  • On Premise : eLabFTW est installé et maintenu de manière autonome par la structure qui est en capacité d’en assurer l’exploitation, et repose sur une infrastructure proposée par la DSI ou par la structure, en suivant des recommandations et mesures de sécurité SSI. La documentation technique d’installation est accessible à cette page Procédure d’installation d’une instance sécurisée (On premise).

Mon unité est une ZRR, quel mode de déploiement dois-je envisager ?

Le mode SAAS, avec le référentiel SecNumCloud, est préconisé pour les unités manipulant et/ou stockant des données sensibles (OGM, ZRR). L’hébergement d’eLabFTW sur nos infrastructures et sur ce marché ne sera par contre pas homologué (pour l’instant) pour les données de santé (HDS).

PARTAGE ET UTILISATEURS

Que puis-je partager au sein de mon Cahier de Laboratoire Électronique, et comment ?

Le Cahier de Laboratoire Électronique eLabFTW permet un accès sécurisé à distance, facilitant l’encadrement et la collaboration. De manière générale, il est possible de forcer les permissions d’écriture et de lecture (sur un utilisateur et/ou une équipe), chaque expérience, protocole, ressource, peut être partagée, avec un grain très fin (équipe, groupe ou utilisateur).

Par exemple, le partage d’un cahier d’un doctorant avec son directeur de thèse, ou avec un groupe de personnes au sein d’une équipe ou encore le groupe de thésards de l’unité. Chaque agent peut potentiellement partager tout ou partie de ses expériences / ressources avec n’importe quel autre agent ayant accès à la même instance.

Si une personne quitte ma structure, en quoi consiste l’archivage de son compte et que devient son Cahier de Laboratoire Électronique ?

Au départ d’un utilisateur, il est conseillé de verrouiller l’ensemble de ses expériences de manière à ce qu’elles ne soient plus modifiables mais toujours accessibles. Dans le Cahier de Laboratoire Électronique eLabFTW, le SYSADMIN peut archiver un utilisateur qui a quitté la structure ou encore l’institut. Cet utilisateur ne pourra plus se connecter mais les données de ses expériences seront toujours consultables. Il est toujours possible de revenir en arrière plus tard si l’utilisateur revenait au sein de la structure.

Il est aussi possible de transférer le contenu de son cahier à un autre utilisateur, et par exemple dans le cas d’un stagiaire ou étudiant en thèse, à son maître de stage ou directeur de thèse. Une copie des expériences de l’utilisateur est aussi possible sous forme d’un fichier archive (pdf,zip).

Attention, une suppression d’un utilisateur efface irrémédiablement son compte, ses expériences et les données liées à celles-ci.

De manière générale il ne faut pas oublier de gérer les départs des personnes et vérifier les modalités de transferts des droits et d’accès aux expériences des personnes sortantes.

TEMPS ALLOUÉ À LA GESTION DE MON INSTANCE

Quels sont les rôles du pilote Cahier de Laboratoire Électronique pour uns structure ou unité ?

Le pilote CLE mène avec la direction de projet de mise en place de eLabFTW au sein de sa structure ou unité :

  • Mener la réflexion préliminaire sur les éléments essentiels d’organisation
  • Présenter l’outil et ses règles d’utilisation à l’ensemble des personnels de l’unité (Voir la section DOCUMENTATION ET INSTANCES DE TEST)
  • Assurer l’ouverture et le suivi des CLE de l’unité (il disposera d’indicateurs sur leur utilisation effective)
  • Diffuser les documents d’aide pour l’organisation et l’utilisation de l’application
  • Assurer un appui de premier niveau auprès des utilisateurs
  • Être le point d’entrée des informations relatives à l’outil et le contact privilégié de l’équipe projet

Chaque instance / structure / unité doit avoir au minimum un admin et une personne pilote

Quels sont les différents rôles au sein d’une instance ?

Il existe 3 rôles essentiels au sein d’une instance : le SYSADMIN, l’ADMIN et l’UTILISATEUR

  • Le SYSADMIN est le point d’entrée du système, ses possibilités d’actions sont :

    • Gérer des équipes, des utilisateurs (création, édition, archivage…)
    • Paramétrage Système (langue, horodatage, sécurité, …)
    • Il peut y avoir plusieurs comptes SYSADMIN sur la même instance
    • Pour le mode SAAS, le SYSADMIN est le prestataire

  • L’ADMIN est le premier utilisateur enregistré sur une équipe, ses possibilités d’actions sont :

    • Sur l’équipe : Valider/modifier/archiver des utilisateurs, Gérer les groupes
    • Gérer les catégories disponibles pour la base de ressources de son équipe
    • Gérer les modèles d’expérience
    • Gérer les tags (mots-clés)
    • L’ADMIN doit valider les nouveaux comptes utilisateurs même s’ils ont été créés par le SYSDAMIN

  • L’UTILISATEUR effectue les actions au quotidien dans l’outil, ses possibilités d’actions sont :

    • Sur les expériences : Créer, Visualiser, Partager, Recherche
    • Sur la base de ressources : Créer, Visualiser, Rechercher
    • Accès au planificateur de ressources
    • Accéder à la documentation en ligne comme aide à l’utilisation de l’outil

Si le mode on premise est choisi, combien de temps faut-il fournir par mois techniquement parlant pour gérer son instance ?

Après avoir réalisé la Procédure d’installation d’une instance sécurisée, peu d’actions sont à mener au quotidien. Cela demande environ 1 à 2 heures de travail par mois. Il faut à minima s’assurer de la mise en place de quelques actions pour l’exploitation (mise à jour système et application, vérification de l’état des sauvegardes…), et être en mesure de faire face à un incident.

HÉBERGEMENT DES DONNÉES

Quelles sont les types et les volumes de données pouvant être gérés/stockés dans le Cahier de Laboratoire Électronique ?

Il faut avoir en tête que les Cahiers de Laboratoire Électroniques n’ont pas vocation à stocker des données (Exemple : résultats de séquençage ou images à très hautes résolutions), mais uniquement des protocoles, des descriptions de manipulations / expériences et des résultats d’expérimentations « légers » en terme de volume de données. Une recommandation d’utilisation d’eLabFTW pour la gestion des gros volumes serait de travailler avec des liens vers des espaces NextCloud ou des entrepôts de données dédiés ou spécialisés. Dans chaque expérience, il est possible d’ajouter des champs supplémentaires de type URL, vers des données externes.

La conservation des données brutes constitue un enjeu majeur de traçabilité et de reproductibilité des expériences. De ce fait, il convient de définir et mettre en place une organisation des données brutes référencées dans le cahier de laboratoire électronique. A cet effet, identifier efficacement les fichiers numériques en fixant des règles de nommage et de définir un plan de classement des dossiers sur les espaces de stockage référencés est essentiel.

Quels sont les types et formats de fichiers supportées lors d’un IMPORT dans un CLE ?

  • CSV, ZIP, import des templates pour les expériences
  • ZIP, Excel pour la base de données
  • Archive ELN

Quels sont les types et formats de fichiers supportées lors d’un EXPORT d’un CLE ou d’une partie de son contenu ?

  • ZIP (1 dossier par expérience contenant le PDF de l’expérience + les fichiers joints)
  • Également possible de fusionner plusieurs expériences dans 1 PDF d’un coup
  • Archive ELN
  • PDF de QR codes
  • JSON

DOCUMENTATION ET INSTANCES DE TESTS

Où puis-je trouver de la documentation utilisateur eLabFTW ?

Il existe plusieurs types de documentation pour l’utilisation d’eLabFTW :

Quelles sont les instances de tests disponibles ?

Actuellement, 2 instances de tests sont disponibles :